Ochrona w obszarach Natura 2000 w znacznym stopniu różni się więc od znanej nam ochrony konserwatorskiej, stosowanej powszechnie w rezerwatach przyrody oraz parkach narodowych. W obszarze sieci Natura 2000 nie chronimy całej przyrody, ale wybrane gatunki i siedliska, tzw. „przedmioty ochrony”, dla których obszar został wyznaczony. Tylko dla tych siedlisk i gatunków planowane są działania ochronne. Nie ma z góry określonych zakazów obowiązujących w całej sieci. Dla każdego obszaru przygotowywany jest odrębny dokument planistyczny, tzw. „plan zadań ochronnych”, zawierający m.in. ocenę stanu zachowania przedmiotów ochrony, identyfikację potencjalnych i istniejących zagrożeń, a także zestawienie działań ochronnych, które muszą zostać podjęte. Za opracowanie i późniejszą realizację planów zadań ochronnych odpowiada sprawujący nadzór nad danym obszarem, czyli w większości przypadków właściwy terytorialnie regionalny dyrektor ochrony środowiska lub dyrektor parku narodowego, na części pokrywającej się z danym parkiem.
Poniżej krótki opis obszarów pokrywających się z PNBT:
„Wielki Sandr Brdy” (PLB220001)
Obszar sieci Natura 2000 „Wielki Sandr Brdy”, o powierzchni 37 106,2 ha, swym zasięgiem obejmuje północno-zachodnią część kompleksu Borów Tucholskich, na obszarze trzech nadleśnictw: Rytel, Przymuszewo i Osusznica oraz Parku Narodowego „Bory Tucholskie” Niemal w całości pokrywa się z Zaborskim Parkiem Krajobrazowym, znajdują się tu również liczne rezerwaty przyrody. „Wielki Sandr Brdy” charakteryzuje się dużą lesistością, oraz silnie rozwiniętą siecią hydrograficzną. Występuje tu kilkadziesiąt jezior różnych typów, z których największym jest Jezioro Charzykowskie. Główną rzeką jest Brda, oraz największy z jej dopływów – Zbrzyca. Obszar porastają głównie bory sosnowe, znikomy jest udział lasów liściastych, w tym grądów, olsów i łęgów. Przedmiotami ochrony na tym obszarze są m.in.: żuraw Grus grus, bielik Haliaeetus albicilla, puchacz Bubo bubo, gągoł Bucephala clangula, nurogęś czy lelek Caprimulgus europaeus.
„Sandr Brdy” (PLH220026)
Obszar siedliskowy „Sandr Brdy” o powierzchni 7 492,6 ha, w całości mieści się w granicach Zaborskiego Parku Krajobrazowego, jego południowa część pokrywa się także z obszarem Parku Narodowego „Bory Tucholskie”. Ostoja wyznaczona została na terenie dwóch nadleśnictw: Rytel i Przymuszewo. W obszarze znajdują się liczne rezerwaty przyrody, m.in. „Bagno Stawek”, „Jezioro Laska”, „Dolina Kulawy”, co świadczy o jego dużej wartości przyrodniczej. Ponad 87% powierzchni pokrywają bory sosnowe, miejscami występują lasy liściaste i mieszane. Siedliska chronione w obszarze to m.in.: sosnowe bory chrobotkowe, bory i lasy bagienne, kwaśne buczyny, torfowiska wysokie z roślinnością torfotwórczą, suche wrzosowiska, jeziora lobeliowe i naturalne, dystroficzne zbiorniki wodne. Wśród zwierząt przedmiotami ochrony są: bóbr Castor fiber, wydra Lutra lutra, traszka grzebieniasta Triturus cristatus, kumak nizinny Bombina bombina, minóg strumieniowy Lampetra planeri i skójka gruboskorupowa Unio crassus. Z roślin to m.in. elisma wodna Luronium natans i obuwik pospolity Cypripedium calceolus. Dodatkową wartością obszaru jest bogata i zróżnicowana lichenoflora (flora porostów).